Ngược về lịch sử, thời Đinh - Lê - Lý, xã Thanh Quân ngày nay thuộc miền đất huyện Cửu Chân; Thời Trần - Hồ là miền đất thuộc huyện Nông Cống (châu Cửu Chân); Thời Lê và Nguyễn, Thanh Quân thuộc tổng Như Lăng, huyện Nông Cống, phủ Tĩnh Gia. Năm Minh Mệnh thứ 18 (1837), tổng Như Lăng cùng với một phần đất của huyện Thọ Xuân và tổng Luận Khê, huyện Lôi Dương thành lập châu Thường Xuân, Thanh Quân lúc này thuộc tổng Quân Nhân, châu Thường Xuân. Tổng Quân Nhân gồm 7 xã: Quân Nhân, Hương Già, Bàn Cống, Phong Vân, Lâm Lư, Ban Văn  và Tru Giớ nay thuộc Châu thuận - Quỳ Châu Nghệ An.

Thanh Sơn là một vùng đất thuộc xã Thanh Quân, là vùng núi cao có nhiều cây cối, địa hình hiểm trở tạo điều kiện thuận lợi che chở cho các nghĩa quân chống thực dân. Đồng thời Thanh Sơn cũng là một trong những địa phương có phong trào đấu tranh chống thực dân – phong kiến mạnh mẽ.

Sau Cách mạng tháng Tám năm 1945 thành công, châu Thường Xuân đổi thành huyện Thường Xuân. Bấy giờ, Quân Nhân đổi thành Thanh Quân là một xã thuộc huyện Thường Xuân. Đến ngày 10 tháng 10 năm 1950, Thủ tướng Chính phủ ra Nghị định số 55-TTg sáp nhập xã Thanh Quân của huyện Thường Xuân vào huyện Như Xuân. Khi đó xã Thanh Sơn ngày nay vẫn thuộc xã Thanh Quân.

Trong thời kỳ này, nhân dân xã Thanh Quân nói chung và Thanh Sơn nói riêng không ngừng phát huy tinh thần yêu nước căm thù giặc, cùng với nhân dân cả nước luôn chiến đấu hết mình vì sự nghiệp giải phóng dân tộc.

Ngày 4 tháng 9 năm 1964, Bộ trưởng Bộ Nội vụ ra Quyết định số 232-NV chia xã Thanh Quân thành 3 xã, lấy tên là Thanh Quân, Thanh Phong và Thanh Lâm.

Ngày 14 tháng 9 năm 1989, thực hiện Nghị định 124-HĐBT ngày 14/9/1989 của Hội đồng Bộ Trưởng, nay là chính phủ, xã Thanh Quân chia tách thành 2 xã Thanh Quân và Thanh Sơn. Kể từ đó, xã Thanh Sơn chính thức được thành lập.

BBT-Thanh Sơn